El Quseir przez setki lat sprawowało rolę jednego z najważniejszych portów Egiptu. Już za czasów Faraonów wysyłano statki handlowe z tego niewielkiego miasta w region Ziemi Punt, które transportowały złoto, heban i niewolników. W późniejszych czasach, podczas inwazji Arabów na Egipt, Quseir stało się ważnym przystankiem dla wyznawców islamu oraz spełniało istotną rolę komercyjną dla handlu z Indiami i Zatoką Perską. Wybudowano fort, który bronił kluczowego portu Morza Czerwonego, a co za tym idzie lukratywnego handlu z Indiami i Chinami, przed konkurencją z Portugalii.
Region powoli tracił na znaczeniu aż do X w. gdy całkowicie zamarły jego pierwotne funkcje. Budowa Kanału Sueskiego w 1869 r. przywróciła życie w obszarze lecz Quseir pozostało zapomniane. Budowa kopalni fosforu przez Włoską firmę w 1916 r., przywróciła nadzieję na industrializację miasta lecz los kolejny raz nie sprzyjał Quseir. Kopalnia została zamknięta w 1960 roku, gdy wybudowano port w położonym na północy mieście Safaga. Możliwość cumowania statków o większym zanurzeniu i dużo większa przestrzeń magazynowa dla towarów przeważyły nad możliwościami oferowanymi przez infrastrukturę Quseir.
Jeszcze kilka lat temu miasto nadal miało niewiele do zaoferowania, a proces całkowitego upadku był bliski zakończenia. Większość oryginalnej zabudowy Quseir zastąpiły bezbarwne, mało atrakcyjne budynki mieszkalne i nowoczesne hotele. Władze miasta podjęły próby przekształcenia funkcji miasta w turystyczną atrakcję, które powoli zaczynają przynosić rezultaty. Główny zabytek miasta, Fort wybudowany przez Ottomańskich władców Egiptu w XVI w., został poddany gruntownej renowacji i przygotowany dla odwiedzających turystów, których ilość z roku na rok wzrasta dając nadzieję na przetrwanie miasta.